به فاصله ۳ تا ۴ روز بعد از رافلینگ یا به عبارتی در روز ۲۱ از ورود کمپوست ها به سالن ، وارد مرحله شوک دهی می شویم شوک دهی یعنی تحریک میسیلیوم های به وجود آمده بر روی کمپوست برای تغییر از رشد رویشی به زایشی . همین مسئله موجب گردیده هر روزه جوانان و افراد با نبوغ بیشتری امکان تولید و پرورش و سود آوری آن در مقیاس کوچک و بزرگ را بررسی کنند از سوی دیگر سود ده بودن بسیاری واحد های تولیدی پراکنده شده در کل کشور، همچنین روبه گسترش بودن و بزرگتر شدن هر روزه این واحدها بر جذابیت این فعالیت اقتصادی افزوده است این فضا باعث وارد شدن افراد سود جو به این عرصه گردیده که با عنوان هدایت و راهنمایی تولید کنندگان قارچ، سود سرشاری را از طریق گوناگون نصیب خود کرده اند و این افراد همانانی هستند که این توهم را به غلط بوجود آورده اند که تولید قارچ به هرشکل و شیوه ای سود آور و دارای توجیه اقتصادی بوده و سود سراری را نصیب تولید کننده می کند. ۲- بهتر است قارچها در هنگام برداشت مستقیماً در ظروف بسته بندی قرار گیرد و از تجمع محصول به صورت توده خودداری شود زیرا این عمل باعث وارد شدن فشار به لایه های زیرین محصول و صدمه دیدن یا قهوه ای شدن آن خواهد شد.
ظرف کنسرو در اتوکلاو به مدت ۶۰ دقیقه در دمای ۱۲۱-۱۳۰ درجه سانتی گراد استریل شده و در آخر با آب سرد، قوطی ها را خنک میکنند تا درجه حرارت کاهش یافته و فشار آن به صفر افت کند. فرآیند پاستوریزاسیون در طی چند بخش و به شرح ذیل انجام می شود. در فاز دو کمپوست سازی عمدتا فعل و انفعالات بیولوژیکی بیشتر از واکنش های شیمیایی انجام می شود. در این بررسی از قارچ های کلاهک دار خودرو در مناطق مستعد رویش قارچ در شهرستان های مختلف استان کردستان نمونه برداری انجام شد و نمونه ها به آزمایشگاه منتقل شدند. قارچ های دکمه ای به خاطر مزه و خواص بالای خود، مناسب برای بکارگیری در طبخ انواع وعده های غذایی می باشند تا طعم تازه ای را برای مصرف کنندگان به نمایش گذاشته باشد. پروتئین قارچ در وزن خشک قارچ دکمه ای حدودا ۱۹.۴ تا ۳۷.۱% است. این قارچ یک ماده غذایی کم کالری و سرشار از فیبر می باشد که به دفع چربی های بدن کمک می کند و باعث لاغری و کاهش وزن می شود . همچنین این ویژگی باعث می شود هوای درون کمپوست بتواند از بین خاک بالا رود و از این طریق بتواند به میزان تنفسی که نیاز دارد دست پیدا کند.
اثر طولانی مدت درجه حرارت و غلظت بالای آمونیاک می تواند میکروارگانیسم های مفید کمپوست را از بین ببرد. عامل دیگری که طول مدت فرایند پاستوریزاسیون یا Killing period حیاتی بوده و میزان اثر این مرحله را ارتقا می دهد، غلظت گاز آمونیاک است. در نتیجه، زمان کمتری برای شیرین سازی و تبدیل آمونیاک به پروتئین طول خواهد کشید. تمام این تغییرات بدین مفهوم است که ارگان های گوناگون گرمادوست شرایط بهینه رشد یا نزدیک به آن را در جریان فاز دو کمپوست تجربه خواهند کرد.جایگزینی ارگان های ترموفیل یعنی جایگزینی باکتری ها با اکتینومیست ها و جایگزینی اکتینومیست ها با قارچ ها در کمپوست که دلیل آن دمای بهینه رشد هر یک از این گروه هاست در کمپوست حادث می شود. لازم بذکر است در تمام مراحل پاستوریزاسیون کمپوست، تأمین هوای آزاد(حدود ۵تا۱۰درصد) و سرعت فن در وضعیت حداقلی خواهد بود تا از بروز کمبود اکسیژن برای توده و میکرو بهای آن جلوگیری بعمل آید.در این مرحله درجه حرارت کمپوست را می توان با تزریق بخار آب به داخل تونل کنترل کرد. میزان و شدت جریان هوای برگشتی موردنیاز بستگی به درجه حرارت و میزان فعالیت کمپوست دارد.
میزان و سهم جریان هوای آزاد بستگی به غلظت اکسیژن توده و سرعت افزایش دما در مرحله Warm up دارد. افزایش گاز آمونیاک به محدوده ۴۵۰ پی پی ام و حفظ ۲-۳ ساعتی آن در اواسط دوره Killing period اثرات بسیار مطلوبی بر نابودی عوامل ناخواسته بویژه کنه ها دارد. درجه حرارت کمپوست در این مرحله به فصل سال و طول مدت زمان خروج کمپوست از تونل بستگی دارد. مجموعه ارگا نها و موجودات ترموفیل ( گرمادوست) در طول پروسه ساخت کمپوست و در نهایت برای پرورش و تولید قارچ خوراکی مهم و بسیار ارزشمند هستند.همانطور که پیش از این گفته شددر پروسه ساخت کمپوست ابتدا ارگان های( شامل باکتری ها، قارچ ها و اکتینومیست ها) سرمادوست Psychrophil و معتدل دوست ها Mesophil در توده کمپوست غالب هستندو باگذشت زمان بهمراه بالا رفتن میزان دمای داخل توده، ارگان های گرما دوست شروع به تکثیر ، افزایش جمعیت و در اخر بر سایر ارگان های توده کمپوست غلبه خواهند کرد. در این دورهها شگردهای اولیه پرورش قارچ و شیوههای تولید به افراد آموزش داده میشود. هدف از این مرحله در واقع یکنواخت کردن درجه حرارت در تمام توده کمپوست، تنظیم درجه حرارت واحد برای توده کمپوست و مهمترین آن کنترل و مهار میزان فعالیت توده کمپوست و مهیا ساختن آن برای افزایش دمای کمپوست تا مرز ۶۰ درجه است.در برخی از منابع از این مرحله بعنوان مرحله همدمایی و شیرین کردن اولیه کمپوست نام می برند. .